Jack, Kate et Sawyer sont retenus prisonniers par les "Autres" dans des circonstances étonnantes. Ils sont tous trois dans des lieux séparés, ont été drogués, et on leur a prélevé un peu de sang. Les leaders du camp, Ben (que l'on connaissait sous le nom de Henry Gale), Mr. Friendly et une nouvelle femme, Juliette, tentent d'habituer Jack et les autres à leur nouvelle condition de vie, et de les préparer pour un certain nombre d'expériences. Les "Autres" semblent bien les connaître, notamment Jack retenu dans la station de l'Hydre, pour lequel Juliette possède un dossier complet. Les flashbacks nous en apprennent justement plus sur le passé de Jack, et la folie dans laquelle il a plongé après sa rupture avec Sarah...

Locke se réveille aphone après l'implosion du bunker, et aperçoit Desmond. Il est persuadé qu'il a commis une grave erreur et que l'île veut qu'il la répare. Il décidé alors de partir à la recherche de M. Eko avec Charlie. Pendant ce temps, Hurley revient au camp afin de rapporter les évènements qu'il a vécu, et tombe sur Desmond. Celui-ci est très différent et semble avoir développer une mystérieux pouvoir. Les flashbacks nous permettent de suivre Locke, le chasseur...

Les "Autres" font en sorte que Sawyer et Kate ne puissent pas s'enfuir de leur cage, en faisant croire à Sawyer qu'ils lui ont implanté un pacemaker qui lui fera exploser le coeur si son rythme cardiaque augmente trop. Pendant ce temps, Juliet demande à Jack de venir en aide à Coleen, qui a été blessée par Sun sur le voilier. Au camp, l'étrange attitude de Desmond attire l'attention alors qu'il construit un mystérieux appareil. Les flashbacks concernant Sawyer nous montrent à nouveau à quel point son sale caractère cache une grande sensibilité...

Blessé et fièvreux, Eko, tourmenté par des hallucinations, éprouve le besoin de rendre près de l'avion où son frère a péri. Locke organise une équipe pour partir à sa recherche. Une pierre deux coups car il compte surtout accéder à l'une des stations de l'initiative Dharma qui se trouve près de l'avion accidenté... Jack est persuadé que Ben est la personne atteinte d'une tumeur près de la colonne vertébrale...

Jack décide de ne pas opérer Ben et le laisser mourir. Kate, de son côté, craint que Pickett, toujours en colère que l'un des leurs ait tué son épouse, ne s'en prenne à Sawyer histoire d'être quitte... Locke préfère enterrer Mr Eko dans la jungle, pour éviter au reste du groupe la souffrance d'un nouvel enterrement...

Flash-back sur Claire quand elle était beaucoup plus jeune à un endroit très différent. Nous apprendrons également si Claire est bien la demie-soeur de Jack.

Juliet pousserait Ben dans un fauteuil roulant, Jack qui jouerait joyeusement au football avec Tom son ennemi juré. "Jack a t'il été drogué par les Autres ?" "Fait t'il semblant ?" Nous saurons pourquoi Locke était avant le crash dans un fauteuil roulant. Les rescapés découvriront également que les Autres possèdent un sous-marin.

Nikki et Paulo seront des personnages symbolique dans la série

Après avoir découvert que Locke a rejoint le camp des Autres,Kate se réveille au milieu de la jungle menottée à Juliet. Pendant ce temps,Hurley prévient Sawyer qu'il lui faut changer son comportement égoïste et faire des excuses aux autres rescapés s'il ne veut pas faire face à un vote qui le bannirait de leur plage.
Les flash-backs de cet épisode concernent Kate et sa rencontre avec Cassidy

Sayid, Kate et Jack rejoignent le campement. La décision deJack d'y emmenerJuliet ne fait pas l'unanimité parmi les rescapés,Sawyer et Sayid sont particulièrement méfiants. Peu après leur arrivée,Claire est frappée d'un mal mystérieux. Juliet prétend alors pouvoir la sauver.
Les flash-backs de cet épisode concernent Juliet et se déroulent de l'époque ou Juliet décide de partir de chez elle, pour rejoindre les Autres plus de 3 ans avant (à la suite de ceux de l'épisode 3-07) jusqu'au jour où les Autres ont abandonné leur village.

À la suite d'une nouvelle vision, Desmond entraine Charlie,Jin et Hurley dans une expédition dans la jungle.Kate se tourne vers Sawyer après avoir aperçu Jack avec Juliet.
Les flash-backs de cet épisode concernent Desmond, la période de sa vie durant laquelle il était moine, et sa rencontre avec Penny.

Depuis qu'il a appris que les femmes enceintes sur l'île mouraient toutes,Jack questionne Sun sur sa grossesse. Elle a des soupçons et demande des explications à Juliet. À plusieurs kilomètres de la plage, alors que Desmond, Charlie, Hurley et Jin tentent toujours de soigner la mystérieuse inconnue tombée du ciel, ils tombent nez à nez avec Mikhail, le gardien de la station de la flamme que tout le monde croyait mort.
Les flash-backs de cet épisode concernent Sun, à l'époque où, peu après son mariage, elle apprend la vérité sur les origines de Jin.

Locke revient au camp des rescapés et entraine Sawyer dans la jungle qu'il tente de convaincre de l'aider à tuer Ben qu'il lui dit avoir capturé. Pendant ce temps, les autres naufragés se demandent s'ils peuvent encore faire confiance à Jack et s'ils peuvent lui annoncer l'arrivée de Naomi, qui prétend toujours que les passagers du vol 815 sont morts.
Les flash-backs de cet épisode concernent la semaine de Locke en compagnie des «Autres ».

Tandis que Sawyer rentre à la plage des rescapés muni de la preuve de la trahison de Juliet,Locke rejoint le camps des Autres, portant, comme promis, le corps de son père sur le dos, et exige alors de Ben les réponses qu'il lui avait promis au sujet de l'île.
Les flash-backs de cet épisode concernent la période durant laquelle Ben était au service de la dharma initiative.

Jack expose aux rescapés son plan pour vaincre les « Autres ».Desmond révèle à Charlie que sa mort permettrait à Claire et à Aaron de quitter l'île. Avec l'aide de Juliet,Sayid comprend pourquoi personne ne reçoit leurs messages radio de détresse, et met au point un nouveau plan qui leur permettrait d'appeler des secours. Au camp des « Autres »,Ben rentre seul, et décide d'avancer l'attaque.
Les flash-backs concernent les 5 meilleurs moments de la vie de Charlie

 Les naufragés partent pour la tour radio, couper le message de Rousseau afin de pouvoir appeler de l'aide.Sayid,Jin et Bernard restent au campement pour mettre à execution le plan de Jack et tuer les Autres venus enlever les femmes enceintes.Charlie, toujours prisonnier de la station sous-marine, tente de concrétiser la vision de Desmond.
Les flash-backs de cet épisode concernent Jack, dans une période sombre de sa vie.

Jack et les rescapés se dirigent toujours vers la tour radio pour couper le signal de Rousseau, et entrer en communication avec l'équipe de Naomi. Ben, accompagné d'Alex, tente de les intercepter.Desmond parvient à libérer Charlie, et tous deux essayent de désactiver le système de brouillage de la station. À la plage,Sayid,Jin et Bernard sont toujours prisonniers des rescapés de l'équipe de Tom.
Les flash-backs de cet épisode sont la suite du précédent.